Die Steppenraute ist stark giftig, weil sie hohe Konzentrationen von Alkaloiden enthält, die auf das zentrale Nervensystem wirken; diese Alkaloide (darunter Harmin und Harmalin) sind in der Samenschale konzentriert, und eine Vergiftung kann Lähmungen, Krämpfe, Halluzinationen, Verdauungsstörungen und einen verlangsamten Herzschlag verursachen.
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