Le harmal est très toxique en raison de sa forte teneur en alcaloïdes agissant sur le système nerveux central ; ces alcaloïdes (dont l'harmine et l'harmaline) sont concentrés dans le tégument de la graine, et l'intoxication peut provoquer paralysie, convulsions, hallucinations, troubles digestifs et ralentissement du rythme cardiaque.
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