Les sources divergent sur l'origine de la pastèque : la « Flora of Pakistan » la décrit comme originaire de la région du Kalahari, et la « Flora of China » d'Afrique australe. Une étude génomique publiée en 2022 présente des éléments en faveur d'un ancêtre d'Afrique du Nord-Est, le « melon du Kordofan » à chair blanche et sucrée, cultivé par les agriculteurs du Kordofan et du Darfour au Soudan. Selon l'étude, l'iconographie égyptienne indique que la chair de pastèque était consommée comme dessert vers environ 4 360 ans avant le présent (BP, référence 1950).
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