तरबूज़ की उत्पत्ति पर स्रोतों में मतभेद है: «फ़्लोरा ऑफ़ पाकिस्तान» इसे कालाहारी क्षेत्र का मूल निवासी बताता है, और «फ़्लोरा ऑफ़ चाइना» दक्षिणी अफ़्रीका का। 2022 में प्रकाशित एक जीनोमिक अध्ययन उत्तर-पूर्वी अफ़्रीका के एक पूर्वज के पक्ष में प्रमाण प्रस्तुत करता है, जो सफ़ेद मीठे गूदे वाला «कोर्दोफ़ान तरबूज़» है, जिसे सूडान के कोर्दोफ़ान और दारफ़ुर में किसान उगाते हैं। अध्ययन के अनुसार, मिस्री चित्रांकन संकेत देते हैं कि वर्तमान से लगभग 4360 वर्ष पहले (BP, आधार वर्ष 1950) तक तरबूज़ का गूदा मिठाई के रूप में खाया जाता था।
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