Die Quellen sind uneins über die Herkunft der Wassermelone: Die „Flora of Pakistan“ beschreibt sie als in der Kalahari-Region heimisch, die „Flora of China“ als im südlichen Afrika heimisch. Eine 2022 veröffentlichte genomische Studie legt Belege für einen Vorfahren aus Nordostafrika vor, die „Kordofan-Melone“ mit süßem, weißem Fruchtfleisch, die von Bauern in Kordofan und Darfur im Sudan angebaut wird. Laut der Studie deuten ägyptische Darstellungen darauf hin, dass Wassermelonenfruchtfleisch um etwa 4.360 Jahre vor heute (BP, Bezugsjahr 1950) als Süßspeise verzehrt wurde.
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