La harmala es muy tóxica por su alta concentración de alcaloides que actúan sobre el sistema nervioso central; estos alcaloides (entre ellos la harmina y la harmalina) se concentran en la cubierta de la semilla, y la intoxicación puede causar parálisis, convulsiones, alucinaciones, trastornos digestivos y ralentización del ritmo cardiaco.
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