Les tubercules de pomme de terre contiennent des glycoalcaloïdes, principalement l'alpha-solanine et l'alpha-chaconine. Le résumé de l'EFSA de 2020 a rapporté des réductions variables de leur teneur par cuisson à l'eau, comprises entre 5 et 65 %, ce qui n'indique pas leur élimination complète. L'Institut fédéral allemand d'évaluation des risques (BfR) met en garde contre la consommation de tubercules verts ou fortement germés.
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