हरमल अत्यंत विषैला पौधा है क्योंकि इसमें केंद्रीय तंत्रिका-तंत्र को प्रभावित करने वाले एल्कलॉइड उच्च सांद्रता में होते हैं; ये एल्कलॉइड (जिनमें हार्मिन और हार्मालिन शामिल हैं) बीज-आवरण में केंद्रित होते हैं, और इसके विषाक्तन से लकवा, ऐंठन, मतिभ्रम, पाचन-विकार और हृदय-गति का धीमा होना हो सकता है।
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