As fontes divergem sobre a origem da melancia: a «Flora of Pakistan» a descreve como nativa da região do Kalahari, e a «Flora of China», do sul da África. Um estudo genômico publicado em 2022 apresenta evidências a favor de um ancestral do nordeste da África, o «melão-de-kordofan» de polpa branca e doce, cultivado por agricultores em Kordofan e Darfur, no Sudão. Segundo o estudo, a iconografia egípcia indica que a polpa da melancia era consumida como sobremesa por volta de 4.360 anos antes do presente (BP, com referência em 1950).
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